Od chwili założenia do roku 1918 była szkołą przeznaczoną dla dzieci obywateli niemieckich.
W roku 1918 powstała szkoła z językiem wykładowym polskim. Pierwszą nauczycielką w tej szkole była pani Jastrzębska, która pracowała do roku 1939.
Podczas okupacji dzieci uczęszczały do szkoły w Wielkiej Nieszawce, a budynek szkolny był zajęty przez niemiecki urząd gminy do roku 1945.
Drugim polskim nauczycielem, który objął posadę w kwietniu 1945 roku, był pan Michał Brzeziński.
Do roku 1965 szkoła liczyła 7 klas, a od 1966 roku przeszła na 8 - letnie nauczanie.
W roku szkolnym 1973/74 nastąpiła zmiana organizacyjna szkoły. Uczniowie klas V – VIII przeszli do szkoły gminnej nr 15 w Toruniu. Szkoła wówczas liczyła 4 oddziały.
Od 1978 roku szkoła stała się szkołą 3 – klasową. Istniał również przy niej oddział przedszkolny.
Od 1.09.1984r. Szkoła Podstawowa w Małej Nieszawce przestała być filią Szkoły Zbiorczej w Cierpicach. Dyrektorem szkoły została pani Elżbieta Banicka.
W czerwcu 1986 roku oddano do użytku łącznik i nowy pawilon wybudowane w ramach narodowego czynu pomocy szkole.
1 września 1990r. dyrektorem szkoły został pan Zbigniew Głowacki.
W 1992 roku dyrektorem szkoły powołanym w drodze konkursu została pani Bronisława Masłowska.
W roku 1997 oddano do użytku nową salę gimnastyczną.
Od 1999 roku zgodnie z reformą oświaty szkoła jest 6-klasową szkołą podstawową.
Od 14 czerwca 2006 roku szkoła nosi imię Jana Pawła II.
31 sierpnia 2017r. pani dyrektor Bronisława Masłowska odeszła na emeryturę.
Od 1 września 2017r. zgodnie z reformą oświaty szkoła stała się 8-klasową szkołą podstawową. Dyrektorem szkoły została pani Irena Zielińska.
Od 1 marca do 31 sierpnia 2018r. obowiązki dyrektora szkoły pełniła pani Teresa Juda.
Od 1 września 2018r. dyrektorem szkoły powołanym w drodze konkursu została pani Teresa Juda.
Od 1 września 2018r. wicedyrektorem szkoły została pani Jolanta Telak.